Структура центрального аппарата до внесения изменений от 6.10.98 г.:
Структура центрального аппарата Таможенного
комитета Министерства финансов
Республики Казахстан
Руководство
Управление таможенных доходов
Управление организации таможенного контроля
Управление по таможенному контролю за энергетическими ресурсами
Оперативно-аналитическое управление
Управление таможенной охраны и режима
Управление автоматизации и таможенной статистики
Управление по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил
Организационно-инспекторский отдел.