Изучение ассоциированных 167 генов-кандидатов для шизофрении, отобранных многодоменным алгоритмом установления приоритетов на основе доказательной медицины и неврологических гипотез (Обзор провела кандидат медицинских наук Абдраимова Э.)

Изучение ассоциированных 167 генов-кандидатов для шизофрении, отобранных многодоменным алгоритмом установления приоритетов на основе доказательной медицины и неврологических гипотез

Обзор провела кандидат медицинских наук Абдраимова Э.

Резюме

Интеграция свидетельств из нескольких доменов полезна в определении приоритета генов-кандидатов заболевания для последующего тестирования.

Мы оценили все известные человеческие гены (n = 3819) под пиками связи в Ирландских исследованиях семей с высокой частотой Шизофрении, использующих три различных уровней доказательности:

1) мета-анализ результатов экспрессии гена, с использованием коллекции Стэнли Брэйна,

2) шизофрения взаимодействий меж белковых сетей, и

3) систематический литературный поиск.

Каждому гену назначили проблемно-ориентировочное значение - Р и рейтинг после оценки доказательств в каждом домене. Для сравнения с этим процессом ранжирования крупная гипотеза гена-кандидата была также проверена включением генов, с генными условиями онтологии, связанных с развитием нервной системы. Впоследствии, генотипы 3725 SNPs в 167 генах от пользовательского массива Illumina iSelect использовалось, чтобы оценить вершину гипотез отобранных генов. Семьдесят три гена были высоко оценены, как и участие в развитие нервной системы (категория 1) , в то время как 42 и 52 гена были исключительны в развитии нервной системы (категория 2) или высоко значимые (категория 3), соответственно. Наиболее отчетливые связи наблюдались в генах PRKG1, PRKCE и CNTN4 после коррекции многократных испытаний. Сравнение подходов показал избыток значительных анализов, используя управляемую гипотезой неврологическую категорию. Случайный выбор аналогичного размера генов от двух независимых ассоциации исследований (GWAS) шизофрении показал, что избыток был маловероятен. В дальнейшем мета-анализе трех наборов данных (GWAS), четыре кандидата SNPs достигли номинального значения. Хотя гены ранжирования с помощью встроенных источников предварительной информации не обогащали за значительными результатами в текущем эксперименте, выбор генов с использованием априорной гипотезы (развитием нервной системы) превосходил случайный выбор. По этой причине дальнейшее развитие генного ранжирования стратегий, с использованием более тщательно отобранных источников информации, является оправданным.

Введение